O Colégio São Mateus foi criado em janeiro de 1994, por iniciativa da Diretora Pedagógica Maria Luiza Rodrigues Batista e do Diretor Administrativo Waldyr de Senna Batista. Foi autorizado pela Portaria nº 248/94, em 24/02/94 – CEE – SEE.

​Inicialmente, foi instalado em um prédio residencial, situado à Rua Santa Lúcia, nº 213, com matrícula de apenas 70 alunos.

Sob inspiração de um ideal de excelência em Educação, o Colégio São Mateus consolidou-se e, tendo decorridos poucos anos, passou a funcionar em sua sede definitiva, situada à Rua São Pedro, nº 872, no bairro Todos os Santos, com atendimento ampliado para mais de 1.000 alunos.

​A organização institucional orienta-se pela Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional – LDBEN nº 9394/96; Diretrizes Curriculares do Ensino Fundamental, Orientações do Conselho Estadual de Educação e Secretaria Municipal da Educação.